La línea de investigación de Juan Miguel Ramírez Cuesta se centra en el estudio y evaluación de sistemas agrícolas y principalmente en la gestión del agua y del suelo mediante tecnologías de teledetección y proximidad. Es coautor de 59 contribuciones científicas que han recopilado 585 citaciones, resultando en un índice H de 16. Es Investigador Principal de 3 proyectos nacionales/regionales y 4 contratos con empresas privadas o entidades públicas. Es coautor de 2 Propiedades industriales e intelectuales. Actúa como editor asociado de la revista Irrigation Science. Forma parte del banco de expertos evaluadores de la Agencia Estatal de Investigación.