Desde el año 2000, Bernardita Pérez, es investigadora en el Centro de Tecnología Poscosecha del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA).
Sus líneas de investigación se centran en nuevas tecnologías poscosecha para fruta y verdura entera y minimamente procesada con el objetivo de minimizar las pérdidas de calidad que se producen durante el almacenamiento, comercialización y consumo, permitiendo un mejor mantenimiento de la calidad físico-química, sensorial, nutricional y microbiológica de los productos hortofrutícolas.
Cabe destacar el amplio trabajo realizado en el desarrollo de nuevos recubrimientos comestibles para frutas y hortalizas a base de polisacáridos y proteínas en combinación con ceras naturales y aditivos alimentarios, como son agentes antioxidantes para fruta cortada y agentes antifúngicos para fruta fresca. Sus trabajos has sido publicados en numerosos artículos científicos, de divulgación y capítulos de libro.