José Miguel Martínez Zapater es Profesor de Investigación de la Agencia Estatal CSIC. Doctor en Ciencias Biológicas por la Universidad Autónoma de Madrid (1983) y becario postdoctoral Fulbright en el MSU-DOE Plant Research Laboratory (East Lansing, Michigan, USA) entre los años 1984 y 1988.
Desde 1988 fue investigador en el Instituto Nacional de Investigaciones Agrarias (INIA) en Madrid y a partir de 2004 en el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). En el CSIC, estuvo adscrito inicialmente al Centro Nacional de Biotecnología en Madrid desde 1998 hasta el año 2009.
Desde esa fecha es Director del Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino (Instituto Mixto del CSIC, Universidad de La Rioja y Gobierno de La Rioja) con sede en Logroño (La Rioja). Durante estos períodos también asumió responsabilidades como Gestor del Programa Nacional de Biotecnología entre los años 1995-2000 y como Subdirector General de Investigación y Tecnología del INIA entre los años 2001 y 2004.
Su actividad investigadora siempre se ha centrado en el análisis genético y molecular del desarrollo reproductivo de las plantas tanto en sistemas modelo (Arabidopsis thaliana) como en especies de cultivo.
Desde 1998 su investigación se ha dirigido al estudio del desarrollo reproductivo de la vid y su impacto en la calidad de la uva y del vino. Con este motivo, ha colaborado también en el desarrollo de herramientas genómicas en la vid y en el estudio del origen y diversidad genética de sus variedades.
Los resultados de su grupo de investigación contribuyen al desarrollo y caracterización de nuevas variedades y clones de vid y permiten profundizar en el conocimiento de las respuestas de la planta a las diferentes condiciones ambientales y de manejo.
Su producción científica se recoge en múltiples publicaciones científicas y numerosos artículos técnicos y de divulgación.