La Doctora Aguiló-Aguayo realizó su tesis doctoral en el grupo de Nuevas Tecnologías de Procesado de Alimentos bajo la supervisión de la Dr. Olga Martín Belloso, pionera en el estudio de Tecnologías alternativas al calor como los pulsos eléctricos y los pulsos lumínicos.
Durante su tesis doctoral tuvo la oportunidad de trabajar en el Proyecto Europeo NovelQ (Novel Processing methods from the production and distribution of high quality and safe foods) permitiéndole realizar diferentes estancias internacionales en prestigiosos centros de investigación como en el The biochemical and Natural Product Chemistry de la Faculty of Life Sciences de la University of Copenhagen (Dinamarca) o en el grupo Food Science and Technology de la Universidad de Cornell (EEUU).
El trabajo realizado durante su tesis doctoral fue premiado con el Premio Extraordinario de Doctorado por la Universidad de Lleida en 2012.
En 2011 realizó una estancia postdoctoral en la Unité Mixte de Recherche A408 UAPV-INRA (Avignon, Francia), trabajando conjuntamente en el grupo de Qualité, Conservation & Transformation des Fruits y el de Microbiologie & Sécurité Alimentaire. Posteriormente le fue concedida la beca postdoctoral Beatriu de Pinós de la Generalitat de Cataluña y cofinanciada por el Programa Marie Curie, incorporándose en Noviembre del 2011 al grupo Food Biosciences del Centro de Investigación irlandés TEAGASC, Food Research Centre Ashtown (Dublín), en el que actualmente lleva a cabo su etapa postdoctoral.
La investigación de la Dr. Aguiló-Aguayo está integrada en el proyecto Irish Phytochemical Food Network en colaboración con el Prof. James Lyng y el Prof. Nigel Brunton del departamento de Food Sciences de la University College of Dublin. En dicho proyecto se están evaluando el impacto de nuevas tecnologías de conservación de alimentos en la calidad y valor nutricional de vegetales y su uso para la extracción de compuestos bioactivos de diferentes matrices alimentarias.